Aanwijzingsbesluit
Zoals voor iedere luchthaven in Nederland heeft de Minister van Verkeer en Waterstaat ook voor Rotterdam The Hague Airport een aanwijzing (= exploitatievergunning) afgegeven waarin regels voor het gebruik van een luchthaven zijn vastgelegd. In het aanwijzingsbesluit wordt het nachtregime beschreven, een geluidszone vastgesteld die het aantal vluchten bepaalt, alsmede vliegroutes en tolerantiegebieden vastgelegd. In de aanwijzing is geen vaste grens gesteld aan het aantal vliegtuigbewegingen op Rotterdam The Hague Airport. Die grens wordt in feite bepaald door de geluidszone. De basis voor de vergunning waarop Rotterdam The Hague Airport op dit moment wordt geëxploiteerd is gelegd in het begin van de negentiger jaren. De aanwijzing voor Rotterdam The Hague Airport werd echter pas in 2001 van kracht. Daarmee werd een jarenlange politieke discussie over de toekomst van de luchthaven definitief afgesloten. Rotterdam The Hague Airport mag de komende 100 jaar op de huidige locatie, dat wil zeggen ideaal gelegen in het hart van Zuidwest Nederland, gevestigd blijven. De aanwijzing, met wijzigingen en kaartjes, is te raadplegen op de website van het Ministerie van Verkeer & Waterstaat.

Geluidszone
De geluidszone is bovendien onder meer bepalend voor de aard en omvang van de bebouwing in de gebieden rondom de luchthaven. Zo mag in de directe nabijheid van de luchthaven geen 'gevoelige' bebouwing zoals woningen plaatsvinden, waardoor wel veel groen en bijvoorbeeld sportvelden in de directe omgeving van de luchthaven mogelijk worden. Rotterdam The Hague Airport zal middels de Regeling Burger en Militaire luchthaven (RBML) overgaan naar de wet luchtvaart, deze overgang wordt verwacht medio 2008. Het RBML maakt de invoering van de nieuwe Europse geluidsmaat Lden mogelijk, overgang naar deze nieuwe geluidsmaat wordt in de periode 2009-2011 verwacht. Met de geluidsmaat Lden kunnen verschillende geluidsbronnen met elkaar vergeleken worden (zowel binnen Nederland als binnen Europa).

Problemen in de huidige geluidszone

1.  Het bestaande rekenmodel is ruim 40 jaar oud. Inmiddels is er veel veranderd in de luchtvaart. Vooral op technisch gebied hebben grote verbeteringen plaatsgevonden. Niet alleen zijn de vliegtuigen zelf ingrijpend veranderd, ook zijn de navigatietechnieken verbeterd en kan er veel nauwkeuriger gevlogen worden dan ruim 40 jaar geleden in het rekenmodel werd aangenomen.
    

2. Handhaving van de zone gebeurt aan de hand van werkelijke, dus feitelijk uitgevoerde vliegpaden met behulp van radarbeelden. De zone werd echter berekend met behulp van theoretische vliegpaden. Gebleken is dat de theoretisch berekende zone niet overeenkomt met de werkelijkheid. De blauwe lijn geeft de 'vertaling' van de hedendaagse situatie weer als deze wordt ingevoerd in het Kosten-model. De vorm van de geluidscontour wordt dus langer en smaller, terwijl de feitelijke totale oppervlakte gelijk blijft.
    
3. Op 1 januari 2005 is het Marine-vliegkamp Valkenburg gesloten. Deze vliegbasis werd vaak gebruikt door regerings- en overheidsvluchten, waaronder bijvoorbeeld de kustwacht. Rotterdam The Hague Airport heeft sinds de sluiting van Valkenburg deze functies overgenomen. Op Rotterdam The Hague Airport vinden per maand nu ruim 100 overheidsvluchten plaats. Toen de geluidszone voor Rotterdam The Hague Airport in 2001 werd vastgesteld, was de voorgenomen sluiting van Valkenburg nog niet bekend; daar is toen dus ook geen rekening mee gehouden. De overheidsvluchten tellen nu echter wel mee in de geluidszone. Een complicatie is ook dat de overheidsvluchten niet onder de regels van slotcoördinatie (zie paragraaf 'Slotcoördinatie') vallen, waardoor Rotterdam The Hague Airport niet regulerend kan optreden. Bovendien worden veel van de vluchten buiten de gebruikelijke openstellingsuren uitgevoerd, waardoor deze extra zwaar meetellen voor de geluidszone.

Om zo snel mogelijk tot een blijvende oplossing te komen van de problemen met de geluidszone heeft Rotterdam The Hague Airport een startnotitie Milieu Effect Rapportage (MER) bij de Ministeries van V&W en VROM ingediend die moet leiden tot wijziging van de aanwijzing met bijbehorende geluidszone.

Om zo snel mogelijk tot een blijvende oplossing te komen van de problemen met de geluidszone heeft Rotterdam The Hague Airport een startnotitie Milieu Effect Rapportage (MER) bij de Ministeries van V&W en VROM ingediend die moet leiden tot wijziging van de aanwijzing met bijbehorende geluidszone.

Huidig nachtregime in hoofdlijnen
Rotterdam The Hague Airport is als internationale luchthaven 24 uur per dag, 7 dagen per week, 365 dagen per jaar geopend. 's Avonds en 's nachts is een aantal beperkingen van toepassing.

1. tussen 18:00 en 08:00 uur geldt een verbod voor minder stille, grote vliegtuigen;
2. tussen 23:00 en 07:00 uur is de luchthaven alleen geopend voor vliegtuigen met technische storingen, reddingsvluchten, spoedeisende medische vluchten (bijvoorbeeld voor orgaandonaties), uitwijkers (vliegtuigen die op de luchthaven van hun bestemming niet kunnen landen door bijvoorbeeld weersomstandigheden), zakelijke personenvluchten met kleinere vliegtuigen, politie en kustwacht;
3. tussen 23:00 en 00:00 uur zijn starts en landingen van vertraagde grote vliegtuigen toegestaan (onder bepaalde voorwaarden) en ook landingen van grote toestellen uit de stilste categorie;
4. tussen 00:00 en 01:00 uur mogen vertraagde stille grote vliegtuigen landen;
5. vanaf 06:00 uur zijn landende positievluchten toegestaan (vliegtuigen die zonder passagiers binnenkomen om na 07:00 uur de dienst te beginnen);
6. het rijk (de staatssecretaris van Verkeer & Waterstaat) kan ontheffing verlenen in overige (bijzondere) gevallen.

In juli 2004 zijn, op verzoek van Rotterdam The Hague Airport en de gemeente Rotterdam, de openingstijden verruimd met een uur. Onder voorwaarden is het alleen voor de modernste - en dus meest geluidsarme - landende vliegtuigen mogelijk tot 24 uur (met uitloop tot 1 uur) te landen zoals hierboven beschreven onder punt 3 en 4. De verruiming van de openingstijden betekent overigens niet dat de totale hoeveelheid geluid per jaar toe zal nemen. De geluidszones zijn namelijk niet mee veranderd. De eerdergenoemde 'emmer met geluid' is dus even groot gebleven. In de berekening voor het totale geluid tellen de vliegtuigen 's nachts tot tien keer zwaarder mee. Dit betekent dat voor elk vliegtuig dat in die periode landt, het jaarlijks toegestane maximum aan geluid (de grens van de geluidszone) eerder wordt bereikt. De verruiming van de openingstijden met een uur heeft dus geen consequenties voor het geluid, maar heeft wel geleid tot een toename van de werkgelegenheid.

Slotcoördinatie
Rotterdam The Hague Airport is er verantwoordelijk voor dat de geluidszone niet wordt overschreden. Omdat de vraag naar luchtvervoer (met grote vliegtuigen) veel groter is dan in de huidige geluidszone past, heeft Rotterdam The Hague Airport in maart 2004 slotcoördinatie aangevraagd. Hierbij zorgt een onafhankelijke instelling, de Stichting Airport Coördination Netherlands, ervoor dat de spaarzaam beschikbare (geluids)capaciteit op basis van internationale regels onder de luchtvaartmaatschappijen verdeeld wordt. Dit gebeurt door het uitgeven van slots (toestemming om te mogen landen of starten op een bepaald tijdstip). De stichting doet dit werk ook voor Schiphol en Eindhoven Airport. Jaarlijks worden als gevolg hiervan vele aanvragen afgewezen. Een bekend voorbeeld hiervan zijn bijvoorbeeld de vluchten voor Feyenoord.

Vertrekroutes en tolerantiegebieden 
Verkeersvliegtuigen die vanaf Rotterdam The Hague Airport vertrekken maken gebruik van zeven vaste vertrekroutes. Deze vertrekroutes kunnen gezien worden als opritten naar de snelwegen in het luchtruim. De vertrekroutes zijn zo geplaatst dat ze, waar mogelijk, bebouwde gebieden vermijden. Slechts wanneer het om vliegtechnische redenen onvermijdelijk is, zal van de vaste vertrekroutes worden afgeweken. Dit kan bijvoorbeeld het geval zijn bij slechte weersomstandigheden. Het gebied waarin een vliegtuig zich mag begeven tijdens het vertrek, noemt men het tolerantiegebied. De randen van dit gebied vormen als het ware de bermen van de oprit. Niet alle typen vliegtuigen kunnen een bocht binnen dezelfde bermen vliegen (ter vergelijking: een fiets heeft minder ruimte nodig om een bocht om te gaan dan een vrachtauto). Daarom wordt per vertrekkend vliegtuig(type) een tolerantiegebied vastgelegd.